Ferramentas para Análise de Associação de Estudos de Varredura Genômica

Estudos de varredura genômica têm sido importantes para um melhor entendimento da base genética de muitas doenças complexas uma vez que se baseiam no estudo simultâneo de vários polimorfismos sendo possível investigar a associação entre os mesmos e as referidas doenças. Além disso, vale ressaltar que esses estudos de associação entre fatores de risco genéticos e doenças têm ganhado destaque na literatura. Assim, a escolha de um modelo estatístico apropriado é parte inerente do mapeamento genético de doenças complexas em estudos com população humana. Logo, a idéia é explorar algumas ferramentas de análise estatística para associação com o propósito de adquirir competência no uso de softwares gratuitos em ambiente Windows, em particular PLINK e R. É bom lembrar que existem inúmeros programas (gratuito para download) com os mais diversos propósitos (ver por exemplo: http://linkage.rockefeller.edu/soft/list1.html). Historicamente, estudos de associação foram utilizados para examinar genes candidatos de interesse, escolhidos com base na hipótese de relevância biológica para a doença em estudo. Em particular, iremos nos concentrar nos estudos de associação de varredura genômica (GWAS genome-wide association study, em inglês). Segundo, Batista (2006), o conceito de associação pode representar desequilíbrio de ligação na distribuição da freqüência alélica dos locos ou representar um sinal de ligação entre um loco candidato na regulação de uma doença. Os estudos de varredura genômica completo (ou GWAS) exigem uma carga computacional muito grande para contemplar a natureza alto-dimensional dos dados. Portanto é indispensável conhecer as ferramentas estatísticas e os softwares disponíveis e adequados para cada situação.