O Anexo II do IMECC, ainda em construção, servirá para abrigar vários laboratórios do instituto. A distribuição do espaço está a cargo da Comissão de Administração de Espaço Físico (Cadef).
O térreo do Anexo II possui um grande espaço vago, sem divisórias, que corresponde às salas L001-
No primeiro andar do Anexo II, há 7 salas que podem abrigar laboratórios, bem como um depósito e uma copa/cozinha..
À semelhança do que ocorre no primeiro andar, o segundo andar do Anexo II contém 7 salas que podem abrigar laboratórios, um depósito e uma copa/cozinha.