ATUALIZADA EM 28/01/2021
MI427 Análise de Dados Hierárquicos (acompanha a disciplina homônima de graduação ME 913)
Atualizações:
Notas - EXAME- Medias Finais (28/01/2021)
Notas- links abaixo (24/01/2021)
Instruções da Prova II (link) (19/01/2021)
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Programa (link) (atualizado em 18/09/2020)
Cronograma (link) (atualizado em 30/12/2020, mudanças:
Prova II: 19/01/2021 (será enviada entre 17h00 e 17h30 para ser entregue até as 18h00 do dia 21/01/2021);
Seminários: 12/01/201, 14/01/2021 e 19/01/2021 (veja dias e horários das apresentações no respectivo link, abaixo)
Aula de conteúdo (se necessário; se não precisar, será mais uma aula para dirimir dúvidas): 07/01/2021
Dias, locais e horários das aulas:
Terças e Quintas das 16h00 às 18h00, via Google Meet (eventualmente, modificações nas ferramentas de ministração de aulas e/ou disponibilização de materiais, utilizadas, podem ser necessárias). Para mais detalhes, veja o Programa (acima)
Horário de Atendimento:
Durante as aulas
Terças- feiras, das
13h00 as 14h00, sob agendamento. No dia anterior, enviar um e-mail
(até as 18h00, nos moldes apresentados no Programa) solicitando agendamento. Por
exemplo, se houver interesse em agendar atendimento para o dia 06/10, deve-se
enviar
e-
mail até o dia 05/10,as 18h00.
Slides das Aulas
Introdução (link) (gráficos de dispersão EA2, veja slides) (atualizados em 25/09/2020, slides 43 e 66, atualizados em 29/09/2020, slides 70, 72, 113; atualizados em 01/10/2020, slides 101, 114, 115, 116, 118, 126)
Modelos hierárquicos de dois níveis (link) (disponibilizados em 12/10/2020)
Estimação frequentista e seleção estrutural em modelos hierárquicos (link) (disponibilizados em 13/10/2020, atualizados em 17/01/202, slides: 8, 14, 22, 23, 25, 31, 33, 34, 39 (vários slides: MVM no lugar de MV))
Modelagens adicionais e Introducao ao pacote lme4
Parte 1 (Dados ``Achievemente'') (link) (material adicional: gráficos de dispersão, ao longo das escolas, entre vocabulário e leitura), (dispersão da CCI entre os valores da covariável leitura, atualizados em 25/10/2020, slides 19, 20, 21, atualizados em 30/10/2020, slides 18, 19, 24)
Parte 2 (Dados de Potthoff and Roy) (link) (material adicional: perfis individuais separados, atualizados em 27/10/2020, atualizados em 02/11/2020, slides 28, 30, 31)
Análise de diagnóstico em MH (MM)
Análise de resíduos - metodologia (link) (disponibilizados em 27/10/2020, atualizados em 30/10/2020, vários slides, atualizados em 02/11/2020, slides 7, 41)
Análise de resíduos (achieve data e produção de aveia ``Oats'') - parte 2 (link) (atualizados em 12/11/2020)
Mais sobre análise de dados hierárquicos
Covariáveis no segundo nível (modelo de dois níveis) (dados "egsingle" pacote do R "mlmRev") (link) (gráficos) (disponibilizados em 17/11/2020)
Modelos Lineareas Generalizados Hierárquicos
Parte 1 (Visão geral e Poisson) (link, disponibilizados em 26/11/2020, atualizados em 30/11/2020, atualizados em 01/12/2020, slides de 106 a 111 e gráficos de envelope, atualizados em 11/01/2021, slide 31)
Parte 2 (Bernoulli) (link, disponibilizados em 25/11/2020, atualizados em 01/12/2020)
Parte 3 (Binomial negativa e gama) (link, disponibilizado em 08/12/2020)
Inferência Bayesiana em modelos hierárquicos/multiníveis
Parte 1 (introdução e exemplos simples) (link, disponibilizados em 08/12/2020, atualizados em 10/12/2020, slides 4, 7, 8, 9, 10, 18, 30, 38, 49, 50, 55)
Parte 2
slides (MCMCPotthofRoy, MCMCAtaques, MCMCRespiratório) (disponibilizados em 17/12/2020)
Modelos não lineares hierárquicos/multiníveis
Parte 1 (introdução, inferência frequentista e análise de dados) (link) (disponibilizadod em 02/01/2021, atualizados em 05/12/2021, slides 55, 57, 61, 63, 66, 73, 75)
Parte 2 (inferência bayesiana e análise de dados) (link) (IndometacinanormalNLH, IndometacinagamaLGH) (disponibilizados em 06/01/2021, atualizados em 07/01/2021, slides 2, 3, 4, 7, 12, 16)
Listas
Lista 1 (link) (atualizada em 29/09/2020, questão 9; atualizada em 01/10/2020, questões 11 e 12, atualizada em 17/10/2020, questões 5, 7, 8)
Lista 2 (link) (disponibilizada em 25/10/2020)
Lista 3 (link) (disponibilizada em 08/12/2020, atualizada em 13/12/2020, questões 14 e 15)
Lista 4 (link) (disponibilizada em 22/12/2020, atualizada em 02/01/2021)
Lista 5 (link) (disponibilizada em 11/01/2021)
Exercícios adicionais recomendados:
Livro: Data Analysis Using Regression and Multilevel/Hierarchical Models (link)
Programas
Simulação dos dados para o EA1 (link) - aula Introdução (atualizados em 25/09/2020)
Simulação dos dados para o EA2 (link) - aula Introdução (disponibilizados em 25/09/2020)
Diagnóstico para o MRNLH
gráficos de diagnóstico (link) (disponibilizados em 19/09/2020)
gráfico de envelope (link) (disponibilizados em 19/09/2020)
Simulação de resíduos (MRNLH) (link)
Funções auxiliares MH (MM)
auxfunctions_MH_2S2020 (link) (disponibilizados em 25/09/2020, atualizados em 22/10/2020, atualizados em 25/10/2020, atualizados em 30/10/2020, atualizados em 02/11/2020, atualizados em 01/12/2020)
gerar gráficos de perfis (interação) (disponibilizados em 25/10/2020)
residdiag_nlme (link) (disponibilizados em 30/10/2020)
Funções de ligação (MLG/MLGH) (link) (disponibilizados em 17/11/2020)
Envelope para o MLGH de Poisson (link) (disponibilizados em 26/11/2020, atualizados em 01/12/2020 - mudanças necessários no argumento e offset)
Envelope para o MLGH de Bernoulli (link) (disponibilizados em 26/11/2020, atualizados em 01/12/2020 - mudanças necessários no argumento e offset)
Envelope para o MLGH Binomial Negativo (link) (disponibilizados em 08/12/2020)
Envelope para o MLGH gama (link) (disponibilizados em 08/12/2020)
Análise dos dados Achievemente data (link) (veja abaixo: dados do livro Multilevel Modeling using R) (disponibilizados em 22/10/2020, atualizados em 25/10/2020, atualizados em 12/11/2020)
Análise dos dados de Potthoff and Roy (link) (disponibilizados em 22/10/2020, atualizados em 30/10/2020, atualizados em 02/11/2020)
Análise dos dados de produção de aveia (oats) (link) (disponibilizados em 12/11/2020)
Análise de dados covariáveis no nível 2 (dados "egsingle" pacote do R "mlmRev") (link) (disponibilizados em 17/11/2020)
Simulação dos resíduos do MLGH de Poisson (link) (disponibilizados em 26/11/2020, atualizados em 01/12/2020 - o modelo linear generalizado hierárquico BN estava sendo simulado de forma incorreta)
Análise dos dados de ataques epiléticos (MLGH de Poisson) (parte 1, parte 2) (disponibilizados em 26/11/2020, atualizados em 01/12/2020, geração dos envelopes)
Simulação dos resíduos do MLGH de Bernoulli (link) (disponibilizados em 26/11/2020)
Análise dos dados de condição respiratória (MLGH de Bernoulli) (parte 1, parte 2) (disponibilizados em 26/11/2020, atualizados em 01/12/2020)
Modelos binomial negativo (ataques epiléticos) e gama (dados bdf: escolas holandeses), (disponibilizados em 08/12/2020)
Inferência Bayesiana em modelos hierárquicos/multiníveis
Parte 1 (exemplos de algoritmos MCMC, slides da parte 1, disponibilizados em 08/12/2020)
Parte 1 (modelagens simples, slides da parte 1, disponibilizados em 08/12/2020)
Parte 2
OpenBUGS + R2OpenBUGS
Dados de Potthoff and Roy (programa em R, modelo) (disponibilizados em 17/12/2020)
Dados de Ataques epiléticos (programa em R, modelo) (disponibilizados em 17/12/2020)
Dados sobre condição respiratório (programa em R, modelo) (disponibilizados em 17/12/2020)
brms
Dados de Potthoff and Roy (link) (disponibilizados em 17/12/2020)
Dados de Ataques epiléticos (link) (disponibilizados em 17/12/2020)
Dados sobre condição respiratório (link) (disponibilizados em 17/12/2020)
Modelos não lineares hierárquicos/multiníveis
Análise Descritiva - dados de Indometacina (banco de dados ''Indometh'') e dados de cultivo de soja (banco de dados "Soybean") (link) (os bancos de dados "Indometh" e "Soybean" acompanham o pacote "nlme" e ficam disponíveis quando este é carregado) (disponibilizados em 02/01/2021)
Gráficos de alguns modelos não lineares (link) (disponibilizados em 02/01/2021)
Gráficos sobre valores iniciais para os processos de estimação (link) (disponibilizado em 02/01/2021)
Análise inferencial (para o banco de dados "Soybean")
Funções com os preditores não lineares considerados nas análises (link) (disponibilizados em 02/01/2021)
Análise Inferencial Frequentista (AIF) (link) (disponibilizados em 02/01/2021)
Envelope (frequentista): Modelo M1 (veja AIF, acima) (link) (disponibilizados em 02/01/2021)
Envelope (frequentista): Modelo M2 (veja AIF, acima) (link) (disponibilizados em 02/01/2021)
Envelope (frequentista): Modelo M3 (veja AIF, acima) (link) (disponibilizados em 02/01/2021)
Simulação relativa à envelopes (um modelo apenas, pode ser fazer com outros) (link) (disponibilizados em 02/01/2021)
Análise Inferencial Bayesiana
Dados de Indometacina
modelo normal não linear hierárquico (programa em R, modelo) (programa brms) (disponibilizados em 06/01/2021)
modelo gama linear generalizado hierárquico (programa em R, modelo) (programa brms) (disponibilizados em 06/01/2021)
Conjuntos de dados
Dados do livro Multilevel Modeling using R (link) (disponibilizados em 18/09/2020)
Dados do livro Data Analysis Using Regression and Multilevel/Hierarchical Models (link) (disponibilizados em 18/09/2020)
Dados do livro Applied Longitudinal Analysis (link) (disponibilizados em 25/10/2020)
Pacote do R mlmRev (link) (disponibilizados em 17/11/2020)
Potência das turbinas de aviões (link) (disponibilizados em 10/12/2020)
Número de acidentes em estradas suecas (dados no programa acima "modelagens simples, slides da parte 1" ) (disponibilizados em 10/12/2020)
Seminários
Sugestões de temas, em ordem alfabética (link) (disponibilizados em 18/09/2020)
Dias, horários e artigos (link) (disponibilizados em 30/12/2020)
Instruções (adicionais) (link) (disponibilizados em 30/12/2020)
Avaliações (link) (disponibilizados em 19/01/2021)
Trabalho
Instruções adicionais (link) (notem que, exepcionalmente, concedi mais do que 10 dias para a entrega do trabalho, contados a partir da divulgação das questões) (disponibilizados em 02/01/2021)
Questões selecionadas (link) (data de entrega: até as 23h59m59s, do dia 16/02/2021) (disponibilizados em 02/01/2021)
Notas (link) (24/01/2021)
Notas
Prova I (link) (atualizadas em 23/01/2021) (disponibilizados em 28/11/2020, fora concedido, a todos, 1.000 pontos, por conta do item d) Questão 1), comentários adicionais sobre a prova (aqui, adicionados em 13/12/2020)
Prova II (link) (disponibilizados em 23/01/2021)
Exame (link) (28/01/2021)
Provas I e II , Seminário e Trabalho (aqui) (atualizados em 24/01/2021)
Médias Finais (link) (28/01/2021)
Links
Página do Prof. Júlio Singer (link)
Livro: Multilevel Modeling using R
Página oficial (link) * descrições dos dados (de acordo com os autores, podem ser encontradas no livro e, eventualmente nos arquivos de dados no formato SPSS). Com relação ao conjunto de dados "Achieve" veja, também, aqui e aqui
Review sobre o livro com indicações de outros pacotes do R (link)
Livro: MLG
Prof. Gilberto (link)
Profs. Gauss e Clarice (link)
Profa. Clarice (link)
Livro: Nonlinear Regression with R (link)
Livro: Regression and Other Stories (link) (disponibilizado em 25/10/2020)
Livro: Data Analysis Using Regression and Multilevel/Hierarchical Models (link) (disponibilizado em 25/10/2020)
Wikibook sobre modelos lineares no R (link)
Página sobre modelos multíníveis do Prof. Tom Snijders (link)
Pacote lme4
Manual no R (link)
Diferenças entre os pacotes lme4 e nlme (link)
Fitting Linear Mixed-Effects Models Using lme4 (link)
Hierarchical and Mixed Effects Models in R- DataCamp (link)
Problemas e possíveis correções (link)
Página do projeto (link) (disponibilizado em 25/11/2021)
Outras referências (link)
Pacote nlme
Manual no R (link)
R scripts (link)
Pacote HLMdiag
Manual no R (link)
Site (link)
Artigo (link)
Pacote DHARMa
Manual no R (link)
Site (link)
Vinhetas (link)
Pacote ALA (página, manual) (disponibilizados em 19/09/2020)
Pacote mlmRev (página, manual) (disponibilizados em 19/09/2020)
Pacote PNADcIBGE (página, manual) (disponibilizados em 19/09/2020)
Pacote GAMLSS (manual, artigo, livro)
Pacote R2MLwiN (página, manual, artigo) (disponibilizados em 19/09/2020)
Pacote R2WinBUGS (página, manual, artigo) (disponibilizado em 25/09/2020)
Pacote rjags (página, manual,) (disponibilizado em 25/09/2020)
Pacote rstan (página 1, página 2, manual) (disponibilizado em 25/09/2020)
Pacote brms (página, manual, artigo, vinhetas) (atualizados em 10/12/2020)
Pacote glmmADMB (página, manual, artigo, introdução/instação, exemplos, projeto) (disponibilizado em 25/09/2020, atualizados em 26/11/2020) Instalação (melhor caminho):
install.packages("R2admb")
install.packages("glmmADMB", repos=c("http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/repos", getOption("repos")), type="source")
Projeto ADMB (link) (disponibilizado em 26/11/2020)
GLMM
FAQ (link) (disponibilizados em 10/12/2020)
Worked examples (link) (disponibilizados em 10/12/2020)
Cursos
DataCamp (link)
Otimização no R (link) (disponibilizados em 25/11/2020)
University of Bristol
Centre for Multilevel Modelling (link) (disponibilizados em 19/09/2020)
Software MLwiN (link) (disponibilizados em 19/09/2020)
Artigos:
What are the most important statistical ideas of the past 50 years? (link) (dizponibilizado em 08/12/2020)
Examples from Multilevel Software Comparative Reviews (link) (disponibilizado em 25/10/2020)
Multilevel Models: Applications to Health Data (link) (disponibilizado em 25/10/2020)
Examining the relationship between length of stay and readmission rates for selected diagnoses in Scottish hospitals (link) (disponibilizado em 25/10/2020)
TUTORIAL IN BIOSTATISTICS Multilevel modelling of medical data (link) (disponibilizado em 25/10/2020)
Recursive residuals for linear mixed models (link)
Tutorial: Two-Level Hierarchical Linear Models Using SAS, Stata, HLM, R, SPSS, and Mplus (link)